Auf diesem "Chassis" baut nun die erste eigentliche Hirnanlage auf. Diese entspricht stammesgeschichtlich dem Stadium der Reptilien, wird damit von MacLean Reptilien-Komplex (kurz R-Komplex) oder auch Archicortex genannt, und dürfte ein Alter von gegen 300 Mio. Jahren haben. Dieser Komplex umfasst die Basalganglien (corpus striatum, globus pallidus u.a.) und ein hochentwickeltes Riechzentrum. Das letztere deutet auf die Wichtigkeit der olfaktorischen Umweltorientierung in diesem Stadium der Evolution hin. In den Basalganglien sind erste sehr einfache Verhaltensprogramme abgespeichert, die mit Selbstbehauptung, Territorialität, Nahrungssuche, Vorratsbildung, Begrüssung und Bildung von sozialen Gruppen zu tun haben und mittels Körpersprache eine erste echte Selbstrepräsentation der Organismen, ermöglichen. Beim Menschen schlägt sich die Vergangenheit der Reptilien in gewissen Anlagen nieder, die mit Ritualismus, Respekt für Autorität und Hackordnung zu tun haben. "... this seems to me to characterize a great deal of modern human bureaucratic and political behavior," sagt Sagan (1977), und fährt fort: "I do not mean that the neocortex is not functioning at all in an American political convention or a meeting of the Supreme Soviet; after all, a great deal of communication at such rituals is verbal and therefore necortical. But it is striking how much of our actual behavior - as distinguished from what we say and think about it - can be described in reptilian terms."